MSD of MD

[behra]

I would like to computeindividual MSD of Xe and CO2 at 298 K.  why msd file was not produced with this input?

SimulationType                MolecularDynamics
NumberOfCycles                500000
NumberOfInitializationCycles  10000
NumberOfEquilibrationCycles   100000
PrintEvery                    5000
RestartFile                   no
ContinueAfterCrash            no
WriteBinaryRestartFileEvery   10000

Ensemble                      NVT

Forcefield                    GenericMOFs
CutOffVDW                     10
CutOffCoulomb                 25

ChargeMethod                  Ewald
UseChargesFromCIFFile         yes

Framework                     0
FrameworkName                 LIXWAR_clean
UnitCells                     2 2 2
HeliumVoidFraction            0.52415
FlexibleFramework             no
ExternalTemperature           298
ExternalPressure              1e4
TimeStep                      0.001

ComputeMSD                   yes
WriteMSDEvery                5000
SampleMSDEvery               5000
ComputeIndividualMSD         yes

ComputeEnergyHistogram       yes
EnergyHisogramEvery          1000
EnergyHistogramSize          100

Movies yes
WriteMoviesEvery 10000

Component 0 MoleculeName              xenon
            MoleculeDefinition        Generic
            MolFraction               0.8
            TranslationProbability    0.5
            ReinsertionProbability    0.5
            SwapProbability           1.0
            IdentityChangeProbability 1.0
            NumberOfIdentityChanges   2
            IdentityChangesList       0 1
            CreateNumberOfMolecules   16

Component 1 MoleculeName              CO2
            MoleculeDefinition        Generic
            MolFraction               0.2
            TranslationProbability    0.5
            RotationProbability       0.5
            ReinsertionProbability    0.5
            SwapProbability           1.0
            IdentityChangeProbability 1.0
            NumberOfIdentityChanges   2
            IdentityChangesList       0 1
            CreateNumberOfMolecules   8


                                                       

[Yu_Zhuochen]

I met the same problem. How to solve it?

[David Dubbeldam]

Are you using the official version from https://github.com/iraspa/raspa2 ?
Versions by other people (not us) via python-use reportedly can show this issue.

If so, check that it actually writes output by running MUCH shorter (10 cycles) and check all the output.
In the output-file it should say whether it computes MSD or not.