Author Topic: net charge in diffusion  (Read 50 times)

sara abbasi

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net charge in diffusion
« on: May 09, 2022, 05:47:34 AM »
Dear Prof.Dubbeldum
I had calculate adsorption for a binary mixture using GCMC and there was no warning about net charge. After that I calculated self diffusivity for this mixture by the same input files and using following code. But in my output folder there was net charge warning (the net charge is not zero). What is the reason?  I will be happy if you guide me.

SimulationType                   MolecularDynamics
NumberOfCycles                   10000000
NumberOfInitializationCycles     10000
NumberOfEquilibrationCycles      10000
PrintEvery                       5000
RestartFile                      NO

ContinueAfterCrash               yes
WriteBinaryRestartFileEvery      500

Ensemble                         NVT

UseChargesFromCIFFile            yes
CutOff                           12.0
TimeStep                         0.0005          # (ps)
Forcefield                       Local
EwaldPrecision                   1e-6


Framework 0
FrameworkName Framework_0_final_1_1_1
UnitCells 3 3 1
ExternalTemperature 300.0

ComputeMSD                 yes
WriteMSDEvery              1000
SampleMSDEvery             1000
ComputeIndividualMSD       yes
NumberOfBlockElementsMSD   100

ComputeEnergyHistogram     yes
EnergyHistogramEvery       1000
EnergyHistogramSize        1000

Movies yes
WriteMoviesEvery  1000       

Component 0 MoleculeName               propane
            StartingBead               0
            MoleculeDefinition         local
            MolFraction                0.1
            IdealGasRosenbluthWeight   1.0
            TranslationProbability     1.0
            RotationProbability        1.0
            RegrowProbability          1.0
            CreateNumberOfMolecules    21
                 

Component 1 MoleculeName               propene
            StartingBead               0
            MoleculeDefinition         local
            MolFraction                0.9
            IdealGasRosenbluthWeight   1.0
            TranslationProbability     1.0
            RotationProbability        1.0
            RegrowProbability          1.0
            CreateNumberOfMolecules    104