Inaccurate Adsorption Isotherms obtained for H2 Adsorption on IRMOF-1 at 77K

Started by sridhar, November 24, 2023, 07:51:38 AM

Previous topic - Next topic

sridhar

Dear Prof. Dubbeldam and RASPA community,

I would like to calculate the adsorption isotherm for hydrogen at 77K on IRMOF-1. The absolute adsorption uptake of the RASPA results showed higher values, almost two times more at high pressures (i.e., 100 bar) compared to the experimental results and GCMC calculations in the literature. I am sure that the force-field interactions taken are accurate. The forcefield, pseduoatoms, molecule files, simulation.input used in my RASPA calculations are given below. The IRMOF-1 cif file was used from RASPA software (i.e., raspa/structures/mofs/cif/IRMOF-1.cif). Can you please go through the input files and let me know incase any issues?

1. Simulation.input

SimulationType                MonteCarlo
NumberOfCycles                100000
NumberOfInitializationCycles  50000
PrintEvery                    5000
RestartFile                   no

Forcefield                    ExampleMOFsForceField

Framework 0
FrameworkName IRMOF-1
UnitCells 1 1 1
HeliumVoidFraction 0.81
ExternalTemperature  77
ExternalPressure  100e5


Component 0 MoleculeName             H2
            MoleculeDefinition       ExampleDefinitions
            TranslationProbability   0.5
            RotationProbability      0.5
            ReinsertionProbability   0.5
            SwapProbability          1.0
            CreateNumberOfMolecules  0

2. pseudoatoms file

#number of pseudo atoms
6
#type      print   as    chem  oxidation   mass        charge   polarization B-factor radii  connectivity anisotropic anisotropic-type   tinker-type
C          yes     C     C     0           12.0        0.0      0.0          1.0      0.67   0            0           relative           0
H_h2       yes     H     H     0           1.01588     0.468    0.0          1.0      0.53    0            0           relative           0
H_com      no      H     -     0           0.0         -0.936   0.0          1.0      0.53    0            0           relative           0
H          yes     H     H     0           1.01588      0       0.0          1.0      0.53    0            0           relative           0
Zn         yes     Zn    Zn    0           65.39       1.8529       0.0          1.0      1.42    0            0           relative           0
O          yes     O     O     0           15.9994     -1.6       0.0          1.0      0.48    0            0           relative           0 


3. force_field_mixing_rules.def

# general rule for shifted vs truncated
shifted
# general rule tailcorrections
no
# number of defined interactions
6
# type interaction
Zn_            lennard-jones    62.4       2.46          // D. Dubbeldam, K.S. Walton, D.E. Ellis, R.Q. Snurr, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 4496-4499.   
O_             lennard-jones    30.19      3.12         // idem
C_             lennard-jones    52.84      3.43         // idem
H_             lennard-jones    22.14      2.57         // idem
H_h2            lennard-jones    15        2
H_com          none
# general mixing rule for Lennard-Jones
Lorentz-Berthelot

4. H2.def file

# critical constants: Temperature [T], Pressure [Pa], and Acentric factor [-]
33
1300000.0
-0.216
#Number Of Atoms
3
# Number of groups
1
# H2-group
rigid
# number of atoms
3
# atomic positions
0 H_h2    0.0           0.0           0.37
1 H_com   0.0           0.0           0.0
2 H_h2    0.0           0.0          -0.37
# Chiral centers Bond  BondDipoles Bend  UrayBradley InvBend  Torsion Imp. Torsion Bond/Bond Stretch/Bend Bend/Bend Stretch/Torsion Bend/Torsion IntraVDW IntraCoulomb
               0    2            0    0            0       0        0            0         0            0         0               0            0        0            0
# Bond stretch: atom n1-n2, type, parameters
0 1 RIGID_BOND
1 2 RIGID_BOND
# Number of config moves
0


dubbelda

I do not see the charges of the framework. How do you set these? In the input the charges for the framework appear to be zero.