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Messages - behra

Pages: [1]
1
Simulation algorithms and theory / MSD of MD
« on: March 11, 2021, 11:15:40 AM »
I would like to computeindividual MSD of Xe and CO2 at 298 K.  why msd file was not produced with this input?

SimulationType                MolecularDynamics
NumberOfCycles                500000
NumberOfInitializationCycles  10000
NumberOfEquilibrationCycles   100000
PrintEvery                    5000
RestartFile                   no
ContinueAfterCrash            no
WriteBinaryRestartFileEvery   10000

Ensemble                      NVT

Forcefield                    GenericMOFs
CutOffVDW                     10
CutOffCoulomb                 25

ChargeMethod                  Ewald
UseChargesFromCIFFile         yes

Framework                     0
FrameworkName                 LIXWAR_clean
UnitCells                     2 2 2
HeliumVoidFraction            0.52415
FlexibleFramework             no
ExternalTemperature           298
ExternalPressure              1e4
TimeStep                      0.001

ComputeMSD                   yes
WriteMSDEvery                5000
SampleMSDEvery               5000
ComputeIndividualMSD         yes

ComputeEnergyHistogram       yes
EnergyHisogramEvery          1000
EnergyHistogramSize          100

Movies yes
WriteMoviesEvery 10000

Component 0 MoleculeName              xenon
            MoleculeDefinition        Generic
            MolFraction               0.8
            TranslationProbability    0.5
            ReinsertionProbability    0.5
            SwapProbability           1.0
            IdentityChangeProbability 1.0
            NumberOfIdentityChanges   2
            IdentityChangesList       0 1
            CreateNumberOfMolecules   16

Component 1 MoleculeName              CO2
            MoleculeDefinition        Generic
            MolFraction               0.2
            TranslationProbability    0.5
            RotationProbability       0.5
            ReinsertionProbability    0.5
            SwapProbability           1.0
            IdentityChangeProbability 1.0
            NumberOfIdentityChanges   2
            IdentityChangesList       0 1
            CreateNumberOfMolecules   8


                                                       

2
Input files and parameters / Re: Charge equilibration for MOFs
« on: October 24, 2020, 08:59:20 PM »
Hello ,
 
This is my input. This file is run. But i have a error message. This error : Segmentation fault (core dumped )
I don `t get it. Why might it be giving an error? What do you think

CutOffCoulomb 25
SymmertrizeFrameworkCharges yes
ChargeFromChargeEquilibration yes
Why doesn't it run when these parts are there? When you remove this part, it runs. May you help me?

This my input file:
SimulationType                MonteCarlo
NumberOfCycles                10e6
NumberOfInitializationCycles  50e5
PrintEvery                    1000
RestartFile                   no

Forcefield                    GenericMOFs
CutOffVDW                     13
CutOffCoulomb                 25
SymmertrizeFrameworkCharges   yes
ChargeFromChargeEquilibration yes

Movies yes
WriteMoviesEvery 1000

Framework                     0
FrameworkName                 Cu-BTC
ChargeMethod                  Ewald
RemoveAtomNumberCodeFromLabel yes
UnitCells                     2 2 2
HeliumVoidFraction            0.29
ExternalTemperature           298
ExternalPressure              2e6 4e6 6e6 8e6 1e7

Component 0 MoleculeName              O2
            MoleculeDefinition        TraPPE
            TranslationProbability    0.5
            RotationProbability       0.5
            ReinsertionProbability    0.5
            SwapProbability           1.0
            CreateNumberOfMolecules   0

all thanks !
   Best Regards

3
Input files and parameters / Segmentation fault (core dumped )
« on: October 23, 2020, 10:15:57 PM »
Hello Dr. Dubbeldam,
 
This is my input. This file is run. But i have a error message. This error : Segmentation fault (core dumped )
I don `t get it. Why might it be giving an error? What do you think

CutOffCoulomb 25
SymmertrizeFrameworkCharges yes
ChargeFromChargeEquilibration yes
Why doesn't it run when these parts are there? When you remove this part, it runs. May you help me?

This my input file:
SimulationType                MonteCarlo
NumberOfCycles                10e6
NumberOfInitializationCycles  50e5
PrintEvery                    1000
RestartFile                   no

Forcefield                    GenericMOFs
CutOffVDW                     13
CutOffCoulomb                 25
SymmertrizeFrameworkCharges   yes
ChargeFromChargeEquilibration yes

Movies yes
WriteMoviesEvery 1000

Framework                     0
FrameworkName                 Cu-BTC
ChargeMethod                  Ewald
RemoveAtomNumberCodeFromLabel yes
UnitCells                     2 2 2
HeliumVoidFraction            0.29
ExternalTemperature           298
ExternalPressure              2e6 4e6 6e6 8e6 1e7

Component 0 MoleculeName              O2
            MoleculeDefinition        TraPPE
            TranslationProbability    0.5
            RotationProbability       0.5
            ReinsertionProbability    0.5
            SwapProbability           1.0
            CreateNumberOfMolecules   0

all thanks !
   Best Regards


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